Αποστολή του τμήματος Φαρμακοεπαγρύπνησης είναι η διασφάλιση της δημόσιας υγείας μέσω της διαρκούς παρακολούθησης της ασφάλειας των φαρμάκων. Το τμήμα παρακολουθεί, συλλέγει, καταγράφει, αξιολογεί και αναφέρει τις ανεπιθύμητες ενέργειες των φαρμάκων που κυκλοφορούν στην αγορά, καθώς και των υπό δοκιμή σε κλινικές μελέτες, όπως υπαγορεύεται από την ευρωπαϊκή νομοθεσία με απώτερο σκοπό την ανάληψη δράσεων όπου και όταν απαιτείται.